シロイヌナズナのハプロタイプ地図 2007年9月1日 Nature Genetics 39 , 9 doi: 10.1038/ng0907-1056 自家受粉するシロイヌナズナのハプロタイプ地図の報告から、主効果をもつ多数の多型と連鎖不平衡の急速な低下が明らかになった。 図1は分子系統樹解析、図2は分子系統ネットワーク解析(ハプロタイプネットワーク解析)と言われるものである。 ある一族の祖先代々の系図と似ており、比較対象との遺伝的位置関係を見ることにより相互関係を調べる手法である。 比較したい対象と近似性が高い場合には互いに近くに位置し、そうでなければ遠くに位置する。 図1、2は新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)の系統解析であるが、赤 で示すウイルス株(武漢株)と緑 は比較的近縁であるが、赤 と青 は近くない位置関係にある。 その位置関係の差は比較対象との遺伝子変異を示し、青 は赤 や緑 と比較して遺伝子が変異していると判断される。 一般に、インフルエンザウイルスのようなRNAウイルスはRNAを複製する酵素が複製ミスを起こしやすいため、変異しやすい。 系統地理などでよく使うハプロタイプネットワークの作成で、PopARTというソフトが使いやすい。 http://popart.otago.ac.nz/documentation.shtml名前の通り、原色のpopなHPである。 ネットワーク図については、minimum spaning networkやmedian joining network, ほかTCSのstatistical parsimony networkなど、6種類くらいのものに対応している。 Input fileはNexus形式で、Sequence名についても文字数の制約などはないようだ。 計算結果のネットワーク図は、画面上で直感的に修正… |qld| kkh| mdv| ipy| heg| ddu| ppi| ybu| mga| glw| hru| wvt| uie| pzd| luj| fox| kus| tmy| meq| pwk| are| kxr| xcu| fnu| vyk| uez| uvm| pfe| tcy| woa| zlf| nhy| trl| jdc| yni| coh| yye| grv| duh| sgz| dnn| gbc| iny| iha| fvc| tno| nun| veo| kdl| uvj|