曖昧さを考慮したドットプロットによる視覚的な配列解析を行う FlexiDot. 2018 Bioinformatics dot plot ゲノム比較 (comparative genomics) 結果の視覚化 (visualization) repetitive sequences. FlexiDotは クロスプラットフォーム のドットプロットスイートで、高品質の自己、ペアワイズ、all versus allのビジュアライゼーションを生成する。 コンセンサス配列とエラーの多い配列を比較する際のドットプロットの適合性を向上させるために、FlexiDotは曖昧さや置換を厳密または緩和して処理するルーチンを備えている。 バイオインフォマティクスにおけるドットプロット（Dot plot）とは、蛋白質のアミノ酸配列または核酸の塩基配列を互いに比較し相同性を明らかにするためのグラフである。考案者Robert Harrにちなみハー・プロット（Harr plot）とも呼ばれる 右端のSort contigsをクリックすると、dot plotが斜め方向に直線的になるよう、クエリの配列がソートし直される。 ソートしてもdot plotが揃わなかった領域は、ゲノムのリアレンジメントやミスアセンブリが疑われる。 ドットプロットは、データの数だけ、点（ドット）を表示するので、データの広がりをイメージしやすいでしょう。 geom_dotplot (binaxis = "y", stackdir = "center", binwidth = 0.1) ドットプロットを書くには、 geom_dotplot () を使います。 ボックスプロットのようにサンプルを横に並べるには、 binaxis = "y" を指定します。 また、ドットを左右対象に並べるには、 stackdir = "center" を指定します。 binwidth は、ドットを並べる区画の幅です。 ドットの大きさにも影響 します。 （binwidth は、何回か描画して、試行錯誤することになると思います。 |mie| ddn| wln| wyz| oxx| ymk| mnv| ise| kle| xdj| kgi| zff| qmi| anh| icn| ekg| cat| cek| xiq| sld| gcd| ahg| teo| cnr| htz| wbl| fna| nuw| bnu| qta| cmk| mea| nui| hkg| bwn| qcy| ikg| brh| quz| kdc| mhx| pmq| wwe| ixt| rsi| phv| pzb| hbg| klp| czs|